1.先払いしていた税金は月割で還付
2.未経過分の税金は買取金額に含まれる
↑
還付があるのでどの時期に売っても損はないです。

＊自動車税
毎年「4月1日時点の車の保有者」にその日から1年分が課税

＊自動車重量税
車検の際に次の車検の期間までが課税

「3月末」の売却は課税されないので、
強いていえば楽かなと思います。
（手続きの手間分）

車検の場合は「車検代」の方が影響が大きいので、
通さずに売った方がお得だと思います。
（査定額にほぼ影響ないので）